凌波微课|SnapGene带你自定义绘制小基因组图谱

学生信，做分析，就上

凌

波

微

课

SnapGene绘制基因组图谱实操

SnapGene Viewer

http://www.snapgene.com/products/snapgene_viewer/

SnapGene Viewer是一个多功能的工具，用于创建和共享丰富的注释序列文件。对于绘制小基因组，例如细菌、质粒、叶绿体或线粒体基因组相关特征并且进行关键位点注释编辑非常方便。

本期凌波微课就带大家学习如何通过SnapGene软件绘制小基因组图谱。具体操作猛戳上方视频哦~

SnapGene绘制圈图的输入方式

01

▼

 直接导入gbk文件，绘制基因组圈图，再对单个基因进行编辑，对这个基因的名称、颜色、起始和终止位置进行编辑，可以将一类基因进行归类；

02

▼

导入基因组fasta文件，得到一个基因组圆环，然后通过随机在圆环上选择一端区域，再通过Feature -> Add Feature，对这段区域的起始和终止位置以及基因的名称、颜色进行编辑，从而得到编辑好的单个基因。

 更多精彩内容加入“凌波微课交流群”，

满满的干货不容错过，

独乐乐不如众乐乐哦~

研究示例

/香菇线粒体基因组特征揭示中国两种香菇类型

Mitogenome types of two Lentinula edodes sensu lato populations in China. Scientific Reports, 2019.

中国有两个香菇种群：香菇和未挖掘的形态学物种，分别命名为A和B。已有研究发现这两个种群的核基因类型不同。本文选择了20种具有不同ITS2类型的香菇菌株进行重测序研究。对L135菌株完整线粒体基因组进行测序，作为参考基因组，通过对19种ITS2类型不同的菌株线粒体基因组进行重新测序，研究了中国两个香菇种群的线粒体基因组类型；研究不同线粒体基因组类型之间的SNP和插入缺失多样性，筛选合适的标记物以鉴定不同的线粒体基因组类型。

*文章阅读：凌恩客户文献|香菇线粒体基因组特征揭示中国两种香菇类型

 图1. L135和YAASM363香菇型线粒体基因组图谱。蛋白编码基因（酒红色），rRNA基因（绿色），tRNA基因（瓶绿色），其他特征（灰色），内含子（虚线）。

PS：公众号后台回复“SnapGene”，即可获得绘图的示例文件哦~

往期精彩

凌波微课，创意于2020年不平凡的春天，由高通量测序及组学研究领域从业近十年的技术团队精心打造。

凌波微课的讲师们，实战经验丰富，旨在通过在线微课程及线下交流，帮助科研学生及科研工作者们由简入繁，掌握科研思路及生信分析的实际操作。凌波微课，用心服务科研用户，打造专业培训品牌，助力科研提升。

关注我

发现更多精彩

关注凌波微课公众号，回复“入群”，即可加入凌波微课课下交流群，更多干货等你呦！